肇源博物馆建成于1999年7月18日，国家三级博物馆，馆区建筑面积1.500平方米,共设古动物化石、历史文物陈列、站人文化、英雄肇源、肇源民俗印象和魅力肇源六个展厅，现为大庆市国防教育基地、大庆市未成年人思想道德教育基地、大庆市民族团结进步教育基地、黑龙江省级爱国主义教育基地和黑龙江省科普教育基地。
肇源博物馆现有自然、历史、艺术等各类文物5000余件。其中玉器、铜器、瓷器、陶器等文物精品700多件，古动物化石标本“王氏水牛”完整率为国内外罕见。建馆至今，先后接待社会各界参观群众超百万人次。负责文物保护业务指导工作，县域有不可移动文物130处，其中全国重点文物保护单位2处，省级文物保护单位11处，市县级文物保护单位31处，一般不可移动文物86处。
肇源博物馆（文物管理所）先后荣获“黑龙江省爱国主义教育基地建设先进集体”“黑龙江省十大优秀陈列展览提名奖”“大庆市国防教育基地建设先进集体”“黑龙江省第三次全国文物普查先进集体”等荣誉称号。